O Ministério de Ensino é responsável pela coordenação do programa pedagógico da Escola Bíblia CBMoema. É quem define, em conjunto com a equipe pastoral, os temas que serão abordados nas aulas, o método de ensino e o material de apoio. Conta com diversos professores, a quem faz a supervisão, gravação, edição e publicação das aulas.